Parafię erygował Kard. Aleksander Kakowski 1 kwietnia 1924 roku wydzielając ją z parafii Świętej Trójcy w Kobyłce. W XV w. była to drobno-szlachecka wieś o nazwie Wolumino. W 1825 r. miała zaledwie 90 mieszkańców; rozwinęła się dzięki linii kolejowej poprowadzonej w 1862 r. Prawa miejskie Wołomin otrzymał 4 lutego 1919 r. Wierni w 1902 roku wybudowali tu małą kapliczkę istniejącą, obok kościoła, do dnia dzisiejszego (obecnie jest to Kaplica codziennej adoracji Najświętszego Sakramentu – od 6.30 do 17.50 z wyjątkiem niedziel i świąt). Plac pod budowę kościoła poświęcił 24 listopada 1906 roku Ks. Franciszek-Ksawery Marmo, proboszcz z Kobyłki. Budowę kaplicy (tak nazywano świątynię, gdyż na budowę kościoła trzeba było mieć zgodę cara z Petersburga) rozpoczęli sami mieszkańcy w 1908 r. w stylu neogotyckim (projektant jest nieznany).

Świątynia w stanie surowym, pokryta dachówką, była gotowa w 1914 r. Wojna przerwała dalszą budowę. Mszę Św. zaczęto odprawiać w 1920 r. Pierwszy proboszcz, Ks. Jan Golędzinowski duszpasterzował w Wołominie do 1932 r. (kiedy to odszedł do budowy kościoła Chrystusa Króla w Warszawie-Targówku): ukończył kościół o powierzchni 200 m2, wstawił trzy ołtarze, organy i ławki, ułożył posadzkę z terakoty; zbudował także plebanię. Podczas pierwszej wizytacji kanonicznej, 27 sierpnia 1927 roku, Kard. Aleksander Kakowski konsekrował kościół.

Podczas walk o Wołomin w sierpniu 1944 roku wojska rosyjskie zniszczyły połowę wieży; resztę wysadzili Niemcy 5 września 1944 roku: ciężar cegieł zniszczył prawie cały kościół: ocalało tylko prezbiterium i ołtarze. Ks. Apoloniusz Kosiński zbudował tymczasową kaplicę, którą w październiku 1946 r. poświęcił Kard. August Hlond. Kolejny proboszcz, Ks. kan. Walenty Zasada (więzień Dachau), zbudował 10-głosowe organy w kaplicy grające do dnia dzisiejszego. Dopiero Ks. Mieczysław Grabowski w latach 1950-1953 wybudował obecny kościół, dwukrotnie większy od zburzonego przez Niemców. Z dawnego kościoła pozostało prezbiterium i trzy ołtarze. Autorem projektu był prof. Stanisław Marzyński.

Początkowo miał poświęcić kościół Kard. Stefan Wyszyński w dniu 26 sierpnia 1953 roku, ale przełożył uroczystość na 11 października; po aresztowaniu w dniu 25 września nie mógł przybyć, więc uczynił to Bp Wacław Majewski. Kolejny proboszcz, Ks. prał. Jan Sikora, dobudował dwie wieże, położył elewację zewnętrzną i umeblował kościół. Uroczystości konsekracyjnej ( także ołtarza, w którym umieszczone zostały relikwie św. Jozafata Kuncewicza, św. Andrzeja Boboli oraz św. Barbary)w dniu 6 października 1966 roku przewodniczył Prymas Stefan Wyszyński. Nowy proboszcz sprowadził do parafii Siostry Michalitki, (Zgromadzenie Sióstr św. Michała Archanioła )które do dziś pomagają w katechizacji dzieci oraz w pracach w kościele i na plebanii. Dzięki staraniom Ks. prał. Jana Sikory w kolejnych latach zostały wymienione czyli zbudowane nowe organy, a także nowe wnętrze świątyni.

Polichromia wewnątrz świątyni namalowana została w latach 1980 – 1985 przez prof. Jerzego Ostrowskiego oraz jego rodzinę. Na ścianach nawy głównej namalowane zostały obrazy przedstawiające przełomowe wydarzenia dla Polski i Kościoła katolickiego w Polsce, a na sklepieniach podobizny świętych polskich oraz kandydatów na ołtarze.

Nawa główna Kościoła. Na ścianach namalowane zostały obrazy przedstawiające ważne wydarzenia dla Polski i Kościoła: Chrzest Polski, Koronacja Bolesława Chrobrego, Ślub Jadwigi z Władysławem Jagiełłą, Śluby Jana Kazimierza, Odsiecz Wiedeńska, Ustanowienie Konstytucji 3-go maja, Insurekcja Kościuszkowska, Powstanie Listopadowe, Powstanie Styczniowe, Odzyskanie Niepodległości, Powstanie Warszawskie, Obchody 1000-lecia Chrztu Polski na Jasnej Górze. Na sklepieniu w nawie głównej znalazły się podobizny ważnych dla polski świętych, błogosławionych oraz kandydatów na ołtarze (m. in. św. Jadwiga Śląska, św. Jacek Odrowąż, św. Albert Chmielowski, św. Maksymilian Maria Kolbe, bł. Władysław z Gielniowa, Romuald Traugutt).

Na sklepieniu w prezbiterium można zobaczyć podobizny świętych: Jozafata Kuncewicza, Andrzeja Boboli, Kazimierza Jagiellończyka i Stanisława Kostki. W centralnym miejscu ołtarza głównego

umieszczony jest obraz Matki Bożej Częstochowskiej, a po jej obu stronach stoją rzeźby dwóch patronów Polski: po lewej św. Wojciecha, po prawej św. Stanisława. Kaplica Najświętszej Maryi Panny. Na ołtarzu znajduje się figura Matki Bożej Fatimskiej. Na ścianie wisi pochodząca z XIX wieku kopia obrazu Madonny z Harpiami z Ufizzi (aut. org. Andrea del Sarto, 1517). Obraz podarowany został przez Muzeum Narodowe w Warszawie. Na sklepieniach namalowano sceny przedstawiające objawienia: Matki Bożej w Lourdes (1858), Gietrzwałdzie (1877), Fatimie (1917) oraz Objawienie Cudownego Medalika św. Katarzynie Labouré (1883).

Na ścianach przy wejściu do świątyni znajdują się obrazy: św. Michała Archanioła oraz bł. ks. Bronisława Markiewicza, założyciela zgromadzeń zakonnych Świętego Michała Archanioła. Na sklepieniach w prawej nawie przedstawione są sceny ze Starego Testamentu, natomiast w lewej – z Nowego. Na sklepieniu nad chórem namalowano podobizny św. papieża Jana Pawła II, bł. Urszuli Ledóchowskiej oraz bł. Marii Teresy Ledóchowskiej. Znajdujący się w lewej nawie ołtarz św. Teresy od Dzieciątka Jezus. Ufundowany został przez państwa Nasfeterów. Po bokach rzeźby patronów fundatorów: św. Heleny oraz św. Stefana. Znajdujący się w prawej nawie ołtarz św. Rodziny. Po bokach rzeźby: św. Anny oraz św. Rocha. Obok ołtarza figura św. Józefa);

W tym czasie powstały też trzy nowe parafie: Św. Józefa Robotnika, MB Królowej Polski i NMP Królowej Różańca Św. w Majdanie. Przy kościele znajduje się grota z figurą MB z Lourdes zbudowana przez Ks. Mieczysława Grabowskiego w setną rocznicę objawień w Lourdes.

Śp. ks. Jan Sikora, po osiągnięciu wieku emerytalnego w 1999r. pozostał na parafii do końca swojego życia jako rezydent(+2011). Przez blisko 50 lat związany był z Wołominem, a wcześniej będąc oficerem Armii Krajowej, szczerze zatroskany losem Ojczyzny; otrzymał wiele odznaczeń państwowych i lokalnych. Jego następcą został ks. Sylwester Sienkiewicz, którego 16-letnia posługa również była wypełniona wysiłkiem i trudem dla dobra wspólnoty parafialnej. Ks. Sienkiewicz doprowadził w latach 2004-2009 do renowacji fresków i pozłocenia ołtarza głównego, wykonał iluminację kościoła, zainstalował nowe witraże, które w 2010 roku w czasie wizytacji kanonicznej poświęcił pierwszy biskup diecezji warszawsko-praskiej – bp Kazimierz Romaniuk, wybudował Dom Parafialny.

Za czasów „proboszczowania” ks. Prał. Sylwestra Sienkiewicza w 2005 r. został również ustawiony przy kościele pomnik ofiar Katynia, który poświęcił Bp Stanisław Kędziora; w 2008 r. Bp Kazimierz Romaniuk poświęcił pomnik Prymasa Tysiąclecia, sługi Bożego Kard. Stefana Wyszyńskiego.

Po przejściu na emeryturę, obowiązki na urzędzie proboszcza parafii od 28 sierpnia 2015 roku przejął ks. Kan. Witold Gajda, który kontynuuje wysiłki poprzedników; w sierpniu 2016 roku poświęcono i odsłonięto ( przy zbiegu ulic Kościelna i Reja ) skwer i pomnik poświęcony ks. Janowi Sikorze, który przez Ministra Obrony Narodowej Antoniego Macierewicza został pośmiertnie mianowany na stopień pułkownika. Dzięki ofiarności wiernych została wykonana i uroczyście poświęcona w dniu 2 października 2016 roku przez Abp Henryka Hosera SAC nowa suknia wraz z koronami na obraz Matki Bożej w głównym ołtarzu oraz wykonane wnętrze kaplicy cmentarnej wg projektu Joanny Szymańskiej.

Wyposażenie świątyni:

Murowana, trzynawowa, kryta blachą miedzianą; wnętrze zdobi polichromia przedstawiająca 1000 lat historii Polski i Kościoła; posiada pięć ołtarzy: główny z obrazem Matki Bożej Częstochowskiej ( przedwojenny, wydobyty z ruin dawnego kościoła ) wraz z figurami św. Wojciecha i św. Stanisława, biskupa i męczennika; boczne: z przedwojennym obrazem św. Teresy od Dzieciątka Jezus, z przedwojennym obrazem Świętej Rodziny, Miłosierdzia Bożego, namalowanym w latach dziewięćdziesiątych przez Agnieszkę Ostrowską i z figurą Matki Bożej Fatimskiej; Świątynia posiada sześć konfesjonałów, 28-głosowe organy firmy Truszyński z 1982 roku, ławki dla 530 osób; w prezbiterium znajdują się stalle dla kapłanów i ministrantów; kaplica Bożego Miłosierdzia z relikwiami św. Faustyny, obrazem Miłosierdzia Bożego, obrazem św. Faustyny i bł. Ks. Michała Sopoćko; witraże 12 Apostołów i św. Pawła Apostoła.